黄明东目前为福州大学化学学院教授、哈佛大学医学院BIDMC医院兼职讲师。研究方向包括：（1）光动力学抗菌和抗肿瘤研究。发展了一种潜在抗菌药物，主要特点是广谱性：可以杀灭包括革兰氏阳性和阴性的多种细菌，特别是能够杀灭耐药菌。（2）血栓和纤溶系统中的重要蛋白质的三维结构及其构效关系研究，发展系列的抑制剂。他发表原创科研文章140多篇，有五篇发表在《科学》和《自然》及子刊杂志上，其中三篇为第一或通讯作者。组建了中国丹麦第一个双边研究中心（http://www.proteasesandcancer.org）。组织了多次国际会议，包括了2009年和2012年的中丹肿瘤和水解酶国际会议，以及2013年诺和诺德－中科院国际研讨会。2006年获得国家基金委杰出青年科学基金。