王运杰教授长期从事神经外科临床工作，积累了丰富的临床诊治经验。每年300余例的手术例数使其手术技巧日益精湛。在临床工作中开展并普及了脑显微外科手术，进行了颅内血管瘤、脑干肿瘤、颅底肿瘤、脊髓内手术、三叉神经锁孔血管减压、脊膜膨出显微成型、立体定向导航深部脑肿瘤显微切除等微创手术治疗，明显提高了手术效果，减少了合并症，也减轻了病人负担，深受病人及家属的欢迎。最近还在国内率先开展了锁孔手术等微侵袭神经外科手术新技术，治疗颅内肿瘤及动脉瘤，其开颅手术的创伤更小、效果更佳，使神经外手术变成了几乎不输血的手术，受到学术界及社会的广泛好评。同时领导全科开展脑显微手术高新技术，并独立完成了后循环系统动脉瘤、海绵窦巨大动脉瘤夹闭并颈外动脉-大脑中动脉吻合（Bypass搭桥手术）、颅内多发动脉瘤及单侧开颅双侧动脉瘤夹闭等高难度动脉瘤手术。近年来又率先开展了单鼻孔经蝶垂体瘤切除术，2012年荣获“中国名医百强榜”上榜名医。